public static void main(String[] args) {


for(int i=0; i<4; i++){
for(int j=0;j<6;j++){
System.out.println(""+(mat[i][j]=0));
}
System.out.println(""+(mat[0][0]=1*3.5));
System.out.println(""+(mat[1][1]=4*3.5));
System.out.println(""+(mat[2][2]=5*3.5));

}

En esta sección del código se esta recorriendo una matriz de 4X6 por lo que los for´s están bien utilizados pero al multiplicar una matriz por un número, cada entrada de la matríz debe ser multiplicada, por lo que dejando los índices fijos ESTAS HACIENDO 4 VECES LO MISMO, no estas avanzando en la matriz, mat[0][0] esto debe de ser reemplazado por mat[i][j], si no haces eso la pregunta sería:
¿Para que usas un for si no te importan los ínfices que la secuenca de control te proporciona?
ahora también hay que observar que las instrucciones:



for(int j=0;j<6;j++){
System.out.println(""+(mat[i][j]=0));
}
System.out.println(""+(mat[0][0]=1*3.5));
System.out.println(""+(mat[1][1]=4*3.5));
System.out.println(""+(mat[2][2]=5*3.5));



están fuera del primer for!! por lo que no estas recorriendo la matriz, es decir solo recorres i, lo que se tiene q hacer es esto:

for(int i=0; i<4; i++){
for(int j=0;j<6;j++){
mat[i][j]=mat[i][j]*3.5;
System.out.println(mat[i][j]);
}

}

Suponiendo QUE A LA MATRIZ YA LE COLOQUE VALORES PREVIAMENTE



}